Hidden Markov Models for Gene Sequence Classification: Classifying the VSG genes in the Trypanosoma brucei Genome

The article presents an application of Hidden Markov Models (HMMs) for pattern recognition on genome sequences. We apply HMM for identifying genes encoding the Variant Surface Glycoprotein (VSG) in the genomes of Trypanosoma brucei (T. brucei) and other African trypanosomes. These are parasitic protozoa causative agents of sleeping sickness and several diseases in domestic and wild animals. These parasites have a peculiar strategy to evade the host's immune system that consists in periodically changing their predominant cellular surface protein (VSG). The motivation for using patterns recognition methods to identify these genes, instead of traditional homology based ones, is that the levels of sequence identity (amino acid and DNA sequence) amongst these genes is often below of what is considered reliable in these methods. Among pattern recognition approaches, HMM are particularly suitable to tackle this problem because they can handle more naturally the determination of gene edges. We evaluate the performance of the model using different number of states in the Markov model, as well as several performance metrics. The model is applied using public genomic data. Our empirical results show that the VSG genes on T. brucei can be safely identified (high sensitivity and low rate of false positives) using HMM.Comment: Accepted article in July, 2015 in Pattern Analysis and Applications, Springer. The article contains 23 pages, 4 figures, 8 tables and 51 reference

Concepciones de práctica pedagógica de estudiantes con bajos desempeños, en la licenciatura en Pedagogía Infantil de la Universidad Tecnológica de Pereira

La presente investigación se centra en el estudio de las Concepciones de Práctica Pedagógica de las estudiantes con bajo desempeño, de Licenciatura en Pedagogía Infantil de la Universidad Tecnológica de Pereira. Se propone una investigación cualitativa de corte interpretativo, que permita identificar los discursos y las actuaciones de las estudiantes, a través de instrumentos como la entrevista semiestructurada, observación no participante y la historia de vida, desde las categorías de análisis: identidad, conceptualización y quehacer. Los resultados de la investigación permitieron describir las concepciones de las estudiantes de bajo desempeño, y así develar cuales son las dificultades en la transformación de sus prácticas, lo que podría servir de insumo para plantear propuestas de formación de docentes, en el programa de Licenciatura en Pedagogía infantil y en general a todos los programas de formación de licenciados, de tal manera que se puedan forman docentes reflexivos e innovadores.This research focuses on the study of the conceptions of teaching practice of students Children Pedagogy Education Degree from the University of Pereira poor performers in their teaching practice. We propose a cutting interpretive qualitative research to identify the speeches and actions of the students, through instruments such as semi-structured interviews, participant observation and life history, from the categories called identity, conceptualization and teaching work. The research results reveal conceptions allow the students and thus understand what are the difficulties in processing, which could serve as an input to make proposals for teacher training

Diseño de plan de gestión administrativa para la empresa Grupo Sigro de la ciudad de Pereira

Para toda empresa es esencial contar con un plan administrativo que guiíe el funcionamiento de la organización mediante estrategias que logren su crecimiento y que pueda ser medible para trazar otras metas que generen nuevas oportunidades en el desarrollo de producto, con este proyecto se busca que la empresa GRUPO SIGRO implemente una gestión administrativa que en conjunto con el proceso productivo logre sobresalir en el mercado obteniendo la expansión económica que los mantenga estable en un principio para así lograr la visión que se desea alcanzar, después se establecería un plan de mercadeo para integrar nuevos productos que se quieran crear y brindar al público. Por esto en este proyecto se basa en crear un plan administrativo que empieza por la creación de encuestas y un check list con el fin de observar el estado actual de la organización y así plantear los objetivos específicos a seguir, con ello se espera lograr una mejor organización que beneficie el crecimiento tanto de la empresa como de sus integrantes

Diseño y construcción de una instalación para el estudio de las transmisiónes de potencia mecánica

El objetivo del proyecto que se presenta a continuación es diseñar y construir un banco para estudiar los diferentes tipos de transmisiones de potencia mecánica. Esta tarea se realiza partiendo de los elementos de transmisión con que cuenta el Laboratorio de Motores de Combustión Interna de la Universidad Tecnológica de Pereira. Para este proyecto se construye un banco didáctico para estudiar e interactuar con el arreglo que se presenta, teniendo en cuenta que estos elementos son de gran utilidad en la industria. Este trabajo forma parte de un proyecto del diseño de máquinas que se desarrolla en la Escuela de Tecnología Mecánica de la Universidad Tecnológica de Pereira, el desarrollo de este proyecto contiene el cálculo y comprobación de reductores de velocidad, transmisiones flexibles como lo son las transmisiones por correa y cadena, frenos de disco. Para conducir por buen camino el diseño del banco de trasmisiones de potencia mecánica se ha procurado por la consecución de documentación importante como recomendaciones, referencias de trabajos anteriores, notas de clase y conocimientos adquiridos durante la etapa de estudio, para llevar a buen término su construcción y disposición final

Proyecto empresa de harina de matarratón en el municipio de Titiribí Antioquia

En el presente trabajo de grado se evaluó la factibilidad del montaje de una planta procesadora de harina de matarratón ubicada en el municipio de Titiribí en diferentes etapas. Inicialmente se realizó una revisión bibliográfica para conocer el mercado de la soya en Colombia debido a que el matarratón (Gliricida Sepium) se espera comercializar como insumo sustituto de la torta de soya en la elaboración de alimentos balanceados para animales. Luego se realizó un estudio de mercado para analizar la oferta y la demanda del producto a sustituir, mediante la exploración de la mezcla de marketing, definiendo las características del producto y comparando este con la torta de soya en porcentaje de proteína para encontrar el precio. Consecuentemente se definen las principales herramientas para promocionar y distribuir el producto y se analiza el entorno para identificar sus posibles y principales competidores. Más adelante mediante el estudio técnico se calculó la capacidad instalada, se describió el proceso productivo y los equipos requeridos para el procesamiento de la harina de matarratón. Por medio de cálculos en Excel se realizó el estudio financiero donde se evaluó con la metodóloga de valor presente neto de los flujos de caja dando una explicación detallada de cada una de las variables financieras y macroeconómicas que inciden de alguna manera en los resultados finales. Finalmente se plasmaron conclusiones y recomendaciones. En resumen el estudio compete desde la siembra de la planta forrajera pasando por el procesamiento en la planta hasta la entrega de la harina empacada a los clientes y todos los recursos financieros involucrados

Modelos markovianos para secuencias y aplicaciones a la predicción de genes.

En esta Tesis se estudian técnicas para modelar secuencias de datos, en particular secuencias de ADN. Si bien las técnicas de secuenciación de genomas han avanzado mucho en estos últimos años, las herramientas para la anotación, es decir para la identificación de las regiones codificantes o genes, no se han desarrollado con la misma velocidad, por lo que es de gran importancia el estudio y perfeccionamiento de procedimientos que permitan la predicción de genes. Como posibles predictores de genes se estudian los modelos de Markov ocultos (HMM) y modelos probabilísticos condicionados como los modelos de Markov de máxima entropía (MEMM) y los campos aleatorios condicionados (CRF), con un especial énfasis en los primeros. Se detallan los algoritmos de entrenamiento y posterior inferencia de los HMM y se aplican al caso particular de búsqueda de genes VSG en Trypanosoma brucei

Instagram as a participatory tool: A comparative analysis of six Spanish museums

This article is part of the research project “FicTrans: Transmedialization and hybridization of fiction and non-fiction in contemporary media culture” (PID2021-124434NB-I00). FPU pre-doctoral contract (FPU17 / 01071), financed by the Spanish Ministry of Education, Culture and Sports.Digital media is usually understood as a tool that helps the social and participatory ideal of museums and cultural institutions to materialize. This ideal has its roots in the reflections that, since the 1980s, new museology and critical museology movements have developed around the renewal of cultural organizations: a transformation that places the visitor at the center of the institution, revises their stories about its collections and invites institutions to be more participative with the public. Seeking to identify the characteristics that these theories adopt in practice, this article investigates the forms of participation implemented on Instagram by six Spanish cultural institutions: Museo Nacional del Prado Museum, Museo Nacional Thyssen-Bornemisza, Museo Nacional Reina Sofía, Museo Guggenheim Bilbao, Museo de Arte Contemporáneo de Barcelona (MACBA) and Centro de Cultura Contemporánea de Barcelona (CCCB). By way of a content analysis of their publications over the span of 6 months, patterns and trends have been identified within the communication strategies of these organizations. The results indicate a clear predominance of minimalist participatory forms (those oriented towards access to practical information and the discovery of collections) over maximalist modalities related to collaboration or co-creation. In general terms, there is also a considerable presence of audiovisual formats in the publications analyzed, showing the great capacity of these institutions to adapt to the latest changes in Instagram.PID2021-124434NB-I00Spanish Ministry of Education, Culture and Sports FPU17 / 0107

Modelo de negocio de la "Universidad de los Niños" de la Universidad Eafit

La sociedad del conocimiento del siglo XXI plantea múltiples retos para el sistema educativo y el estudiantado actual -- Entre ellos están el mejoramiento de la calidad y la pertinencia de la educación, la disminución de las tasas de deserción tanto en los niveles iniciales (básica primaria y secundaria) como postsecundaria (universitaria) y la generación de nuevos ambientes de aprendizajes, así como la formación de seres integrales, capaces de plantear preguntas pertinentes a los cambios del entorno y que sirvan de base para construir nuevo conocimiento en cualquier contexto; de seres respetuosos y conscientes de la diversidad social, que respeten al otro como un legítimo “otro”; seres éticos y competentes hacia el mundo laboral, que promuevan el desarrollo social, político, económico y ambiental de una manera sostenible -- En busca de dar respuesta a estos y otros retos que plantea la nueva sociedad del conocimiento, la Universidad EAFIT diseñó y ejecuta el programa “Universidad de los Niños”, cuya misión es “propiciar una relación perdurable entre niños y jóvenes de diversos orígenes sociales y los saberes investigativos y científicos que se producen en la universidad” (Universidad EAFIT, 2011) -- Con este trabajo de grado se pretende definir la “Universidad de los Niños” de la Universidad EAFIT como un producto con una propuesta de valor estructurada, que pueda comercializarse, de manera que se logre ampliar el alcance del proyecto, aterrizar los objetivos planteados, alcanzar la meta de incrementar el número de niños y jóvenes beneficiados por estos programas y posicionar a la Universidad EAFIT como una universidad socialmente incluyente y responsabl

Plan de direccionamiento estratégico de la comercializadora el Trébol Oriental ubicada en el municipio de Cartago Valle del Cauca

De acuerdo a lo observado en la Comercializadora el Trébol Oriental de la ciudad de Cartago Valle del Cauca, donde se viven una serie de dificultades por la ausencia de procesos adecuados para garantizar la calidad en los productos y servicios que se ofrecen y con la pregunta de ¿cómo lograr ser competitivos en mercado frente a las grandes empresas?, surge la necesidad de realizar un proyecto en el cual se pretende implementar un plan de direccionamiento estratégico para la comercializadora. El plan de direccionamiento estratégico se implementa con el propósito de determinar las oportunidades, debilidades, fortalezas y amenazas, lo que con lleva a establecer las necesidades para así poder diseñar una estructura organizacional que ayudará a guiar la comercializadora a un permanente mejoramiento de los procesos, asegurando la subsistencia en el mercado, el logro de los objetivos, la optimización de sus recursos, procesos y por ende sus servicios

Prospectiva estratégica de la Corporación Club Campestre de Pereira

El presente trabajo de grado presenta resultados obtenidos a través de: Estudios y análisis realizados basados en información existente, e Información primaria obtenida durante la investigación con la finalidad de conocer claramente las necesidades, gustos y percepción que tienen los asociados de la Corporación Club Campestre de Pereira. Basados en el objetivo general "Determinar la percepción, sentido de pertenencia y disposición de compra de los productos y servicios que ofrece la Corporación Club Campestre de Pereira a los asociados actuales, con el objetivo de diseñar un Plan Estratégico al corto, mediano y largo plazo", y en cada objetivo específico dados por: Determinar las necesidades, gustos y disposición de compra que tienen los asociados de la Corporación Club Campestre de Pereira. Identificar los productos y servicios más representativos que requieren los asociados de la Corporación Club Campestre de Pereira. Construir la matriz DOFA que tiene la Corporación Club Campestre de Pereira. Diseñar un Plan Estratégico de la Corporación Club Campestre de Pereira, partiendo de los resultados de la investigación al corto, mediano y largo plazo. Es así, como se realizaron diferentes técnicas de investigación de mercados que dieron las bases para diseñar el plan estratégico de marketing, que se presenta como herramienta para disminuir las debilidades que fueron encontradas durante la investigación y que será una brújula de navegación en el desarrollo de estrategias a través de diferentes actividades a realizar, desde crecimiento, eficiencia, innovación, calidad y satisfacción al cliente